Analizaré datos de secuenciación genómica con herramientas de bioinformática

Por favor, contáctame antes de hacer un pedido para que podamos confirmar el alcance del proyecto, las opciones de transferencia de datos y las expectativas de entrega.

Ofrezco análisis de datos genómicos de WGS de procariotas adaptados a tus necesidades de investigación.

Con experiencia en genómica y bioinformática, diseño y ejecuto pipelines personalizados para entregar resultados precisos y listos para publicación.

Servicios que ofrezco

• Control de calidad y preprocesamiento de archivos FASTQ
• Mapeo de lecturas a genomas de referencia (WGS)
• Montaje de novo para proyectos sin un genoma de referencia adecuado
• Detección y anotación de variantes (SNPs, indels)
• Clasificación metagenómica y perfilado microbiano
• Genómica comparativa y generación de informes personalizados

 Herramientas y experiencia

• Interfaz de línea de comandos (CLI) para ejecución interactiva y resolución de problemas en flujos de trabajo de bioinformática
• Scripting en Bash para automatización, pipelines reproducibles y procesamiento de alto rendimiento
• Entornos HPC para análisis eficiente de genomas a gran escala: AWS
• Herramientas de bioinformática: BWA, SAMtools, BCFtools, FastQC, Roary, Prokka, RAxML
• Bases de datos de referencia: NCBI, GenBank, CARD, VFDB

Lo que necesitas proporcionar:

• Datos de secuenciación en crudo (archivos FASTQ, comprimidos si son grandes)
• Genoma de referencia