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Realizaré secuenciación del genoma completo bacteriano (WGS) y análisis comparativo de genómica
Cofundador de The Freelance Bubble
Como cofundador de The Freelance Bubble, trabajo con un equipo multidisciplinario de más de 23 académicos con doctorado, brindando soporte técnico y de investigación de alta calidad. Soy biotecnólogo ...
Nivel 2
Ha cumplido con los criterios de alto rendimiento y tiene un historial comprobado de cumplimiento de las expectativas de los clientes.
Acerca de este Servicio
En The Freelance Bubble, ofrecemos servicios profesionales de secuenciación del genoma completo bacteriano (WGS) y análisis comparativo de genómica para investigadores, laboratorios y equipos académicos que trabajan con genomas microbianos.
Nuestros servicios pueden incluir:
- Control de calidad y recorte de archivos FASTQ en crudo
- Montaje de genomas de novo
- Evaluación de calidad del montaje
- Anotación del genoma
- Confirmación de especie y MLST
- Perfilado de genes de resistencia antimicrobiana
- Detección de factores de virulencia
- Detección de plásmidos
- Análisis de ANI y similitud genómica
- Análisis comparativo basado en SNP
- Análisis del núcleo genómico y filogenético
- Análisis del pan-genoma
- Perfilado de genes centrales, accesorios y únicos
- Genómica comparativa entre múltiples aislamientos
- Figuras y tablas listas para publicación
Utilizamos herramientas bioinformáticas establecidas como FastQC, fastp, SPAdes, QUAST, Bakta/Prokka, MLST, AMRFinderPlus, Abricate, FastANI, Snippy, IQ-TREE, Panaroo/Roary y flujos de trabajo relacionados cuando es apropiado.
Los entregables pueden incluir genomas anotados, árboles filogenéticos, gráficos comparativos, resúmenes de AMR/virulencia, scripts y interpretaciones.
Por favor, contáctanos antes de ordenar para colecciones grandes de aislamientos, conjuntos de datos FASTQ en crudo, proyectos de pan-genoma o flujos de trabajo de genómica comparativa personalizados.
Mi porfolio
FAQ
Traducción automática
¿Qué tipo de datos de secuenciación bacteriana puedes analizar?
Puedo trabajar con lecturas FASTQ en crudo, genomas ensamblados, genomas anotados o conjuntos de datos de genomas bacterianos disponibles públicamente.
¿Puedes analizar archivos FASTQ en crudo?
Sí. El procesamiento de lecturas en crudo puede incluir control de calidad, recorte, ensamblaje de novo, evaluación del ensamblaje y análisis genómico posterior.
¿Qué análisis incluye la WGS bacteriana?
Dependiendo del paquete, el análisis puede incluir ensamblaje, anotación, MLST, genes de resistencia, factores de virulencia, plásmidos, ANI, análisis de SNP, filogenia y genómica comparativa.
¿Puedes realizar análisis de pan-genoma?
Sí. El análisis de pan-genoma puede incluir perfilado de genes centrales, accesorios y únicos, agrupamiento, visualización comparativa e interpretación.
¿Puedes identificar genes de resistencia antimicrobiana?
Sí. El perfilado de AMR puede realizarse usando bases de datos y herramientas establecidas como AMRFinderPlus, flujos de trabajo compatibles con CARD u otros recursos relacionados cuando sea apropiado.
¿Puedes realizar análisis filogenéticos?
Sí. Puedo realizar análisis filogenéticos basados en SNP o en genoma central y proporcionar árboles filogenéticos listos para publicación.
¿Puedes comparar múltiples aislamientos o cepas bacterianas?
Sí. La genómica comparativa puede incluir ANI, comparación de contenido genético, análisis de SNP, pan-genómica, comparación de AMR/virulencia y relaciones filogenéticas.
¿Recibiré figuras y tablas listas para publicación?
Sí. Dependiendo del paquete seleccionado, los entregables pueden incluir árboles filogenéticos, gráficos comparativos, mapas de calor, resúmenes genómicos y tablas listas para manuscrito.
¿Proporcionarás scripts y archivos de análisis?
Sí. Se pueden proporcionar scripts reproducibles, salidas intermedias y archivos de análisis relevantes cuando sea aplicable.
¿Debo comunicarme con usted antes de realizar el pedido?
Sí. Por favor, contáctanos primero para colecciones grandes de aislamientos, conjuntos de datos de secuenciación en crudo, proyectos de pan-genoma, especies bacterianas inusuales o pipelines personalizados para que podamos confirmar el alcance y el tiempo de entrega.
