Haré análisis de secuenciación de ARN de célula única

¿Necesitas un análisis confiable y listo para publicación de RNA-seq de célula única (scRNA-seq)? Ejecutaré un pipeline completo y reproducible que va desde los recuentos en crudo hasta figuras listas para publicar.

Soy un investigador con doctorado, con publicaciones revisadas por pares en revistas SCI de Q3-Q4 y experiencia práctica con scRNA-seq de 10x Genomics en muestras humanas, de ratón y de plantas. Cada proyecto incluye scripts en R o Python con control de versiones, un párrafo escrito de métodos y figuras que cumplen con los requisitos de las revistas (más de 300 dpi, texto vectorial cuando sea posible).

Lo que entrego, de principio a fin:

- Control de calidad: filtrado de células/genes, detección de dobletes, filtrado mitocondrial/ribosomal, gráficos antes/después del control de calidad

- Normalización e integración: normalización con Seurat SCTransform o Scanpy; Harmony, Seurat v5 o Scanorama para múltiples muestras / lotes

- Reducción de dimensionalidad y agrupamiento: PCA, UMAP/t-SNE, ajuste de resolución con clustree

- Anotación de tipos celulares: basada en marcadores, además de mapeo de referencia con SingleR, Azimuth o CellTypist; anotación de plantas mediante PlantPhoneDB o scPlantLLM

- Expresión diferencial: marcadores de clúster y comparación condición vs condición, con volcano / MA / mapa de calor / dotplot

- Análisis avanzado (Estándar y Premium): inferencia de trayectorias