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Analizaré datos de secuenciación fastq y realizaré control de calidad de NGS
Acerca de este Servicio
Analizaré tus datos de secuenciación FASTQ y realizaré control de calidad de NGS usando un flujo de trabajo bioinformático reproducible.
El análisis puede incluir:
Conteo de lecturas y bases
Estadísticas de longitud de lectura
Análisis de GC% y N%
Puntuaciones de calidad Phred
Métricas Q20 y Q30
Análisis de calidad por posición
Distribuciones de GC y longitud de lectura
Comparación de calidad cruda versus procesada
Visualizaciones de QC y un resumen claro de resultados
Puedo trabajar con archivos FASTQ/FASTQ.GZ de lectura emparejada y proporcionar salidas organizadas que sean fáciles de interpretar y reutilizar.
Este servicio es adecuado para proyectos de investigación, trabajo académico, análisis de datos genómicos y evaluación preliminar de datos de NGS.
Por favor, proporciona tus archivos FASTQ y cualquier información relevante de la muestra antes de ordenar para que pueda confirmar que el análisis solicitado se ajusta al paquete seleccionado.
Lenguaje de programación:
Python
•
SQL
•
Colab
•
NoSQL
Herramientas:
Jupyter Notebook
•
opencv
•
TensorFlow
•
Excel
FAQ
Traducción automática
¿Qué tipo de archivos de secuenciación necesitas?
Principalmente trabajo con archivos FASTQ o FASTQ.GZ. Para secuenciación de lectura emparejada, proporciona ambos archivos R1 y R2. También proporciona cualquier información disponible sobre la muestra, plataforma de secuenciación y contexto experimental.
¿Analizas datos de FASTQ de lectura emparejada?
Sí. El servicio soporta datos de FASTQ de lectura emparejada cuando se proporcionan tanto los archivos forward (R1) como reverse (R2). El paquete seleccionado determina el número de conjuntos de datos incluidos.
¿Qué métricas de calidad analizarás?
Dependiendo del paquete seleccionado, el análisis puede incluir conteo de lecturas y bases, longitud de lectura, GC%, N%, puntuaciones de calidad Phred, Q20/Q30, calidad por posición, distribución de GC, distribución de longitud de lectura y comparaciones entre crudo y procesado.
¿Puedes realizar recorte de adaptadores y calidad?
Sí, cuando el preprocesamiento está incluido en el paquete seleccionado. El flujo de trabajo y los parámetros específicos de recorte dependerán de los datos de secuenciación y los requisitos del proyecto.
¿Recibiré los resultados del análisis y las visualizaciones?
Sí. Los resultados se entregan como salidas de análisis organizadas con tablas relevantes, métricas de calidad, visualizaciones y una interpretación concisa de la calidad de secuenciación observada.
¿Puedes analizar mis datos antes de que haga un pedido?
Sí. Por favor, contáctame primero con los detalles de tus archivos FASTQ, tamaño del conjunto de datos, disposición de secuenciación y análisis que necesitas. Puedo confirmar el paquete y alcance adecuados antes de que hagas el pedido.
¿Puedes trabajar con archivos FASTQ.GZ?
Sí. Se soportan archivos FASTQ comprimidos (.fastq.gz).
¿Puedes proporcionar un flujo de trabajo bioinformático personalizado?
Sí, para requisitos fuera de los paquetes listados, por favor contáctame con tus requisitos de flujo de trabajo y detalles del conjunto de datos. Podemos discutir un alcance personalizado y ofrecer una propuesta adecuada.
