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Ejecutaré simulaciones de dinámica molecular con gromacs para tu proteína
Bioinformática y Química Computacional, Diseño de vacunas, Simulación MD, DFT
Ayudo a estudiantes e investigadores a obtener resultados claros y defendibles en diseño de vacunas, simulación de dinámica molecular, cálculos de DFT y predicción de estructura de proteínas, sin tene...
Acerca de este Servicio
Ejecuto simulaciones completas de dinámica molecular usando GROMACS en un entorno Linux, incluyendo minimización de energía, equilibración NVT/NPT, corrida de producción y análisis estructural post-simulación con todos los resultados graficados y explicados.
Puedo ayudarte a:
- Preparar y minimizar la estructura de tu proteína (archivo PDB)
- Realizar la equilibración NVT y NPT con gráficos de temperatura, presión y densidad
- Ejecutar una simulación de producción
- Calcular RMSD (estabilidad estructural a lo largo del tiempo)
- Calcular RMSF (flexibilidad por residuo)
- Calcular radio de giro (compactación de la proteína)
- Entregar un resumen escrito interpretando qué significan los resultados para la estabilidad de tu proteína
Ideal para estudiantes que necesitan una simulación MD completa con análisis estructural adecuado para una tesis, tarea o proyecto de investigación, no solo datos en bruto, sino una explicación clara de lo que muestran.
Tecnología:
Google Analytics
•
Google Data Estudio
Tipo de análisis:
Análisis descriptivo
•
Análisis predictivo
Experiencia:
Predicción
•
probabilidad
•
matemática
Lenguaje de programación:
Python
Mi porfolio
FAQ
Traducción automática
¿Qué formatos de archivo debo proporcionar?
Un archivo PDB de la estructura de tu proteína (o la secuencia en crudo si aún no tienes uno, puedo ayudarte a generar una estructura primero).
¿Cuánto dura la simulación de producción?
Las ejecuciones estándar son simulaciones cortas (adecuadas para verificar la estabilidad inicial). Si necesitas ejecuciones de producción más largas (varios nanosegundos), envíame un mensaje antes de ordenar para que pueda darte una cotización precisa del tiempo de entrega y el precio.
¿Qué software utilizas?
GROMACS en Linux, con gráficos de análisis generados usando Grace (xmgrace).
¿Entenderé los resultados si no estoy familiarizado con las simulaciones MD?
Sí, cada paquete incluye una explicación en lenguaje sencillo de lo que significan los gráficos y análisis para la estabilidad de tu proteína, no solo archivos en crudo.
