Procesaré y analizaré tus datos de genómica o vcf usando python

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Desarrollador en Python Bioinformática Analista de Datos

Desarrollador en Python y analista de bioinformática con experiencia práctica en ofrecer soluciones de datos en investigación y en la industria. Me especializo en: - Programación en Python para limpi...
Acerca de este Servicio

¿Tienes datos de genómica que necesitan procesamiento, filtrado o 

anotación pero no sabes por dónde empezar?


Construiré una pipeline de bioinformática confiable para procesar tus 

datos de VCF, BCF o GWAS usando herramientas estándar de la industria que entregan 

resultados limpios, anotados y listos para análisis.


Lo que puedo hacer:

Procesamiento y conversión de formatos de archivos VCF/BCF

Filtrado de variantes por calidad, profundidad y frecuencia alélica

Anotación de SNP usando Ensembl VEP

Procesamiento de datos GWAS basado en PLINK

Estadísticas de QC y reportes resumidos con bcftools

Conversiones de formatos de archivos (VCF, BCF, PLINK, haps/muestras)

Automatización de workflows completos con Python

Visualización de datos de distribución de variantes y métricas de calidad


Lo que recibirás:

Archivos de salida procesados y filtrados

Informe resumido de QC

Script de pipeline en Python (limpio, comentado y reutilizable)

Documentación clara e instrucciones de uso


Trabajo con bcftools, tabix, PLINK, Ensembl VEP y Python 

las mismas herramientas usadas en pipelines de investigación en GWAS y genómica en producción.


Escríbeme antes de ordenar para describir tu conjunto de datos y objetivos.

Tecnología:

Excel

Jupyter Notebook

Pandas

RStudio

mySQL

Streamlit

Tipo de análisis:

Análisis cuantitativo

Análisis estadístico

Experiencia:

Diseño de experimentos

Tendencias

Algoritmos

Lenguaje de programación:

Python

R

SQL

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