Realizaré simulación de dinámica molecular para ti

Puedo realizar simulaciones de dinámica molecular para tus necesidades de investigación. Cubriré toda la configuración básica de la simulación, ejecución y análisis.

Puedo realizar simulaciones con gromacs/htmd usando una estructura de proteína proporcionada, donde también puedes especificar el forcefield u otros parámetros. Después de las fases de equilibración y producción, se realizará el análisis de la simulación de RMSD, RMSF y Rg. Por favor, indica si necesitas análisis de ligando, donde se requiere mmgbsa/pbsa y/o análisis de formación de enlaces.

También se generarán figuras usando R ggplot según tus necesidades. La simulación final y el análisis te serán entregados.