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Realizaré acoplamiento molecular y simulación MD
Especialista en bioinformática y biología computacional
¿Necesitas análisis confiables de bioinformática o computacional para tu investigación?
Soy investigador en MS Bioinformática en NUST, trabajando en genómica, descubrimiento de fármacos computacional...
Acerca de este Servicio
¿Buscas simulaciones confiables de docking molecular y dinámica molecular para tu investigación en descubrimiento de fármacos?
Ofrezco análisis completo de descubrimiento de fármacos por computadora, desde la preparación de proteínas y ligandos hasta el docking molecular, análisis de interacción proteína-ligando y simulación de dinámica molecular con GROMACS.
MIS SERVICIOS INCLUYEN
- Preparación de proteínas y ligandos
- Docking molecular proteína-ligando
- Docking usando AutoDock Vina y herramientas relacionadas
- Análisis de afinidad de unión y puntuaciones de docking
- Evaluación de la pose de docking
- Análisis de interacción proteína-ligando en 2D y 3D
- Análisis de sitio de unión y residuos interactuantes
- Cribado virtual de librerías de compuestos
- Clasificación comparativa de ligandos
- Análisis de similitud a fármacos
- Predicción de ADMET y toxicidad
- Simulación de dinámica molecular con GROMACS
- Análisis RMSD
- Análisis RMSF
- Radio de giro (Rg)
- Análisis SASA
- Análisis de enlaces de hidrógeno
- Análisis PCA y de trayectorias cuando sea necesario
- Análisis de energía libre de unión MM-PBSA cuando sea aplicable
- Figuras y tablas de resultados de calidad publicación
HERRAMIENTAS
GROMACS | AutoDock Vina | PyMOL | Chimera/ChimeraX | Discovery Studio | SwissADME | Python | herramientas relacionadas para descubrimiento de fármacos
Tipo de servicio:
Investigación
Idioma:
Inglés
Preferencia de estilo de entrega
Informa al freelancer cualquier preferencia o inquietud que tengas con respecto al uso de herramientas de IA en la finalización y/o entrega de tu pedido.
Un trabajo académico que se solicite en nombre suyo no es ético puesto que viola los códigos de honor de la mayoría de las escuelas.
Solicitar a los freelancers que preparen tareas escolares o trabajos académicos en tu nombre viola la política de Fiverr Estándar de la comunidad y puede dar lugar a que se deshabilite tu cuenta.
FAQ
Traducción automática
¿Qué información necesitas para comenzar con el docking molecular?
Por favor, proporciona la estructura de la proteína objetivo o el ID PDB, estructuras de ligandos o nombres/IDs de compuestos, tu objetivo de investigación y el sitio de unión esperado si lo conoces. Si no se conoce el sitio de unión, menciona esto antes de ordenar para poder discutir el flujo de trabajo adecuado.
¿Qué software utilizas para docking molecular?
Dependiendo del proyecto, puedo usar AutoDock Vina y herramientas relacionadas para la preparación de proteínas y ligandos. PyMOL, Chimera/ChimeraX, Discovery Studio y software relacionado pueden usarse para visualización molecular y análisis de interacción.
¿Realizas simulaciones de dinámica molecular?
Sí. Realizo simulaciones de dinámica molecular con GROMACS con análisis como RMSD, RMSF, radio de giro, SASA y enlaces de hidrógeno. Se pueden incluir análisis adicionales de trayectorias según el objetivo de la investigación.
¿Puedes realizar simulaciones MD de 50 ns o 100 ns?
Sí. Las simulaciones MD pueden realizarse por diferentes duraciones según el sistema molecular y el objetivo del estudio. Por favor, contáctame antes de ordenar simulaciones más largas como 100 ns o más para evaluar los requisitos computacionales.
¿Realizas análisis de energía libre de unión MM-PBSA?
Sí. El análisis de energía libre de unión MM-PBSA o relacionado puede incluirse cuando sea apropiado para el sistema molecular y el flujo de trabajo de la simulación.
¿Puedes realizar cribado virtual?
Sí. Puedo realizar cribado virtual contra una proteína objetivo. Las grandes librerías de compuestos deben discutirse antes de ordenar, ya que los precios y la entrega dependen del número de compuestos, objetivos y análisis posteriores requeridos.
