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Ejecutaré simulaciones de dinámica molecular aceleradas por GPU para ti
Tu experto en Biología Computacional para todas tus necesidades de investigación
¡Hola y bienvenido!
Soy graduado en Biotecnología con experiencia en Biología Computacional. Mi experiencia abarca docking molecular, simulaciones MD, transcriptómica, descubrimiento de biomarcadores...
Acerca de este Servicio
¡Bienvenido a mi Gig de simulación de dinámica molecular!
Realizo simulaciones MD aceleradas por GPU para investigadores, estudiantes y equipos de biotecnología que necesitan datos de simulación confiables sin acceso a infraestructura de computación de alto rendimiento.
Lo que ofrezco:
- Pipeline completo de simulación: Desde entrada en PDB o SMILES, manejo la preparación del sistema, solvatación, ionización, minimización de energía, equilibración NVT/NPT y ejecuciones de MD de producción.
- Software y forcefields: GROMACS y AMBER, con CHARMM36m, AMBER ff19SB, GROMOS y OPLS-AA. Sistemas de proteínas, ácidos nucleicos, ARN/proteínas, membranas y ligandos todos gestionados.
- Análisis post-simulación: RMSD, RMSF, Rg, enlaces de hidrógeno, PCA, MM/PBSA, MM/GBSA y más, según tu paquete.
- Figuras listas para publicación: Gráficos de alta resolución y visualizaciones moleculares usando PyMOL, VMD y R/ggplot2.
- Complementos personalizados: Simulaciones coarse-grained (CG) y análisis QM/MM (ORCA-GROMACS) disponibles bajo solicitud.
Envíame un mensaje antes de ordenar si tienes un sistema grande o requisitos específicos de simulación. Estoy feliz de colaborar. ¡Trabajemos juntos para avanzar tu investigación!
FAQ
Traducción automática
¿Qué archivos de entrada necesito proporcionar?
Un archivo de estructura de proteína (PDB o mmCIF) y, si aplica, tu ligando en formato SDF, MOL2 o SMILES. Si solo tienes un ID de UniProt o código PDB, puedo obtener y preparar la estructura yo mismo.
¿Qué software y forcefields utilizas?
GROMACS y AMBER. Forcefields: CHARMM36m, AMBER ff19SB, GROMOS96 y OPLS-AA. Modelos de agua: TIP3P y SPC/E. Si tienes un requisito específico, menciónalo antes de ordenar.
¿Qué tipos de sistemas puedes simular?
Complejos proteína-ligando, proteína-proteína, ARN/DNA-proteína, proteínas de membrana y sistemas de ácidos nucleicos independientes. Para sistemas inusuales, envíame un mensaje primero para confirmar la viabilidad.
¿Cuánto tiempo tomará mi simulación?
Depende del tamaño del sistema y la duración de la simulación. Una corrida de 100ns generalmente se entrega en 2-3 días, 300ns en 4-5 días y 500ns o más en 7 días.
¿Qué infraestructura de computación utilizas para las simulaciones?
Ejecutó simulaciones en servidores GPU de alto rendimiento, incluyendo nodos RTX 4090 y RTX 5090. En un 5090, un sistema de más de 100k átomos corre aproximadamente a 250-300ns/día, asegurando una rápida entrega sin comprometer la calidad de la simulación.
¿Puedes realizar simulaciones coarse-grained o QM/MM?
Sí, ambas están disponibles como complementos personalizados. Las simulaciones CG usan el forcefield MARTINI. QM/MM se ejecuta mediante ORCA acoplado con GROMACS. Envíame un mensaje para discutir alcance y precios antes de ordenar.
¿Mis datos son confidenciales?
Sí. No comparto estructuras, secuencias ni resultados de clientes con nadie, y puedo firmar un NDA si es necesario.
