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Realizaré docking molecular y cribado virtual para descubrimiento de fármacos
Químico computacional, acoplamiento molecular, GROMACS MD y QSAR ML
Hola, soy Sareer Ahmad, un químico computacional y freelancer en cheminformática.
Tengo una maestría en Química Física y trabajo como profesor de química senior, además de desarrollar modelos de dock...
Acerca de este Servicio
Ayudo a investigadores, startups y estudiantes a convertir una proteína objetivo y un conjunto de compuestos candidatos en predicciones de unión clasificadas y defendibles.
Usando AutoDock Vina, realizo docking molecular basado en estructura: preparación de proteínas y ligandos, configuración de la caja de grid alrededor del sitio de unión, ejecuciones de docking y visualización de la pose de unión en PyMOL. Para conjuntos de compuestos más grandes, ejecuto cribado virtual por lotes y devuelvo una tabla clasificada de afinidad de unión para que puedas priorizar qué moléculas investigar experimentalmente.
Mi formación es en química computacional y física (Maestría en Química Física), con experiencia práctica en estudios de docking y dinámica molecular, incluyendo un flujo de trabajo de docking y MD para EGFR. También trabajo con GROMACS para validación de MD, por lo que un resultado de docking puede ser seguido con una simulación corta para verificar la estabilidad de la pose.
Lo que obtienes: un resumen claro de los métodos, imágenes de la pose de unión, una tabla de resultados clasificada para trabajos con múltiples ligandos y comunicación honesta: te diré claramente si tu objetivo o conjunto de ligandos tiene alguna limitación conocida en lugar de prometer resultados que el docking solo no puede ofrecer.
Envíame un mensaje con tu proteína (ID PDB o archivo de estructura) y ligando(s) antes de hacer el pedido.
Dominio:
Aprendizaje automático
•
Otros
Experiencia:
Análisis predictivo
Lenguaje de programación:
Python
•
R
Herramientas:
Jupyter Notebook
Tecnología:
Python
•
scikit-learn
•
Jupyter Notebook
Mi porfolio
FAQ
Traducción automática
¿Qué archivos necesitas de mí para comenzar?
Idealmente, una estructura de proteína (ID PDB o un archivo .pdb) y tu(s) ligando(s) en formato SMILES, .sdf o .mol2. Si solo tienes una secuencia de proteína, envíame un mensaje primero y te informaré si es necesario hacer modelado por homología.
¿Puede el docking solo confirmar que un compuesto funcionará?
No, y no te diré lo contrario. El docking proporciona una pose de unión predicha y una puntuación para ayudarte a priorizar candidatos. Para obtener evidencia más sólida, añade la validación MD corta del paquete Premium para verificar la estabilidad de la pose.
