Realizaré docking y simulación avanzada de dinámica molecular

¿Busca servicios de simulación de dinámica molecular (MD) y acoplamiento molecular de nivel experto para su proyecto de investigación, publicación o descubrimiento de fármacos? ¡Está en el lugar indicado!

Con una profunda experiencia en biología computacional y química, ofrezco simulaciones MD integrales y análisis avanzados utilizando herramientas estándar de la industria como GROMACS, AMBER, BIO3D y otras.

Servicios que ofrezco:

Acoplamiento molecular:

• Acoplamiento proteína-ligando
• Análisis de la puntuación de acoplamiento
• Visualización de la pose de unión

Simulación de Dinámica Molecular (MDS): (Proteína-Ligando, Proteína-Proteína, Proteína-ADN/ARN)

• Tubería de MD completa
• Simulaciones de hasta 2000 ns o más utilizando GROMACS

Análisis post-MD:

• RMSD
• RMSF
• Rg
• SASA y SASA enterrado
• Enlace de hidrógeno
• Distancia proteína-ligando
• Análisis de la estructura secundaria
• Análisis de componentes principales (con Bio3D)
• FEL (Paisaje de Energía Libre)
• DCCM
• Parcelas de puercoespín
• Redes de movimiento 3D correlacionadas y anticorrelacionadas
• MMGBSA y MMPBSA
• Análisis de energía de descomposición por residuo
• Vídeo de MDS

Herramientas y software utilizados:

GROMACS | AMBER | BIO3D | VMD | PyMOL | UCSF Chimera | AutoDock | MMGBSA/MMPBSA | MDAnalysis | Schrödinger | PyRx | BIOVIA Discovery Studio | XMGrace