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Ejecutaré acoplamiento molecular y simulaciones de dinámica molecular
Químico computacional, cálculos DFT y dinámica molecular
Soy un investigador en química computacional con experiencia en cálculos de teoría del funcional de la densidad (DFT), modelado molecular y simulaciones de dinámica molecular (MD). Mis intereses de in...
Acerca de este Servicio
Ofrezco servicios profesionales de simulaciones de dinámica molecular (MD) usando GROMACS para biología computacional, descubrimiento de fármacos y estudios de interacción proteína-ligando. Mi enfoque es entender la estabilidad de las proteínas, las interacciones moleculares y la dinámica estructural a través de flujos de trabajo computacionales confiables y análisis científicos.
Mis servicios incluyen
- Configuración de simulaciones MD: preparación de sistemas proteína y proteína-ligando, selección de fuerza de campos, solvación, adición de iones, minimización de energía y equilibrado.
- Simulación de dinámica molecular: simulaciones MD de producción para investigar la estabilidad de proteínas, cambios conformacionales e interacciones proteína-ligando.
- Análisis de trayectoria: RMSD, RMSF, radio de gyración (Rg), área de superficie accesible al solvente (SASA), análisis de enlaces de hidrógeno y evaluación de la estabilidad estructural.
- Informe científico: gráficos de calidad de publicación, visualización molecular, interpretación de resultados y datos computacionales organizados.
Herramientas y software
GROMACS, PyMOL, UCSF Chimera y herramientas de análisis molecular relacionadas, según los requisitos del proyecto.
Entregables
- gráficos y figuras de la trayectoria MD
- análisis estructural e de interacciones e informe
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