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Haré docking molecular, cribado virtual y simulación MD
Analista de datos en bioinformática Omics
Hola, soy Maghooz Khan, un bioinformático profesional y desarrollador de IA. Trabajo en genómica, metagenómica, RNA-Seq, epigenética, metilación, análisis de CNV y proyectos de bioinformática basados ...
Acerca de este Servicio
¿Necesitas docking molecular, cribado virtual, simulación MD o análisis de interacción proteína-ligando para tu investigación?
Te ayudaré a estudiar las interacciones entre ligando y proteína o proteína y proteína usando flujos de trabajo confiables de descubrimiento de fármacos computacional.
Los servicios incluyen:
- Preparación de ligando/proteína
- Docking molecular y cribado virtual
- Análisis de puntuación de docking y pose de unión
- Diagramas de interacción 2D/3D
- Configuración y análisis de simulación de dinámica molecular
- Interpretación de RMSD, RMSF, Rg, SASA, enlaces de hidrógeno y MM/PBSA
- Informe científico, tablas y figuras listas para publicación
Las herramientas pueden incluir AutoDock Vina, PyRx, Chimera/ChimeraX, Discovery Studio, GROMACS, VMD, Pymol y herramientas relacionadas según tu proyecto.
Por favor, envíame un mensaje antes de ordenar para verificar tu proteína, ligandos, número de compuestos, duración de la simulación, cronograma y entregables esperados.
FAQ
Traducción automática
¿Qué información necesitas antes de iniciar el proyecto?
Necesito la estructura de la proteína objetivo o ID de PDB, estructuras de ligandos o IDs de PubChem, número de compuestos, herramientas de docking/MD requeridas si las hay, objetivo del proyecto y entregables esperados como informe, figuras, tablas o resultados estilo manuscrito.
¿Puedes trabajar si solo tengo nombres de ligandos o IDs de PubChem?
Sí. Puedo obtener las estructuras de ligandos desde PubChem u otras bases de datos públicas, prepararlas y usarlas para docking o cribado virtual. Para compuestos personalizados o no publicados, proporciona archivos SDF, MOL, MOL2, PDB o SMILES.
¿Qué tipo de análisis de docking incluirás?
Dependiendo del paquete, puedo ofrecer puntuaciones de docking, las mejores poses de unión, tablas de ligandos clasificados, diagramas de interacción 2D/3D, enlaces de hidrógeno, interacciones hidrofóbicas, discusión sobre la interacción en el sitio activo y interpretación científica.
¿Proporcionas figuras y tablas listas para publicación?
Sí. Puedo preparar figuras y tablas limpias para tesis, manuscritos, presentaciones o informes, incluyendo imágenes de interacción de docking, tablas de afinidad de unión, figuras comparativas de poses y gráficos de análisis MD cuando sea aplicable.
¿Puedes seguir un artículo de investigación o protocolo específico?
Sí. Si tienes un artículo de referencia, protocolo o requisito de revista, compártelos antes de ordenar. Puedo diseñar el flujo de trabajo para que coincida con las herramientas, parámetros, la cuadrícula de docking, ligandos, pasos de preparación de la proteína o estilo de análisis requeridos cuando sea posible.
¿Qué análisis de simulación MD puedes ofrecer?
Para proyectos de MD, puedo ofrecer análisis como RMSD, RMSF, radio de giro, SASA, enlaces de hidrógeno, términos de energía, análisis de distancia, visualización de trayectorias e interpretación de la estabilidad del complejo según el paquete y el alcance del proyecto.
¿Puedes manejar docking proteína-proteína o solo docking proteína-ligando?
Puedo soportar tanto docking proteína-ligando como docking proteína-proteína, dependiendo del proyecto. Comparte las estructuras de las proteínas, la interacción objetivo y el análisis esperado para que pueda confirmar el mejor flujo de trabajo antes de comenzar.
¿Por qué enviar un mensaje antes de realizar el pedido?
Cada proyecto varía en tamaño de proteína, cantidad de ligandos, herramientas, duración de MD y necesidades del informe, por lo que primero se debe verificar el alcance.
