Realizaré acoplamiento molecular y simulación MD con GROMACS

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Farmacología de red, acoplamiento molecular, simulación MD con GROMACS, predicción de TCMtarget

Estudiante de segundo año en Medicina Tradicional China en la Universidad del Noroeste, bajo la supervisión del fundador de TCMSP, Prof. Wang Yonghua. 2 años en laboratorio y 1.5 años en servicio CADD...
Acerca de este Servicio

Soy un estudiante de maestría en segundo año en Medicina Tradicional China en la Universidad del Noroeste, bajo la supervisión del profesor Wang Yonghua, fundador de la base de datos TCMSP. Con 2 años de experiencia en investigación en laboratorio y 1.5 años en servicios académicos freelance, he completado más de 600 proyectos de simulación molecular para tesis de posgrado y publicaciones en revistas.

Ofrezco servicios completos de farmacología computacional que cubren tres módulos principales:

  1. Acoplamiento molecular: AutoDock Vina/4, acoplamiento proteína-ligando, pretratamiento de ligando y proteína, clasificación de afinidad de unión, diagramas de interacción 2D y visualización 3D en PyMOL.
  2. Simulación MD con GROMACS: simulación de trayectoria de 100ns para sistemas de proteína-ligando, péptido y proteína-proteína, análisis completo de RMSD, RMSF, Rg, SASA y enlaces de hidrógeno.
  3. Energia libre de unión MM/PBSA: descomposición de energía por residuo, extracción de instantáneas de conformación y evaluación cuantitativa de la capacidad de unión.

Todos los paquetes entregan archivos de parámetros en bruto, figuras vectoriales de alta resolución editables, tablas de datos ordenadas y guías paso a paso. Ofrezco consultas ilimitadas por texto y una ronda gratuita de revisión de figuras por cada pedido. Los archivos completos de trayectoria MD están disponibles para compra adicional.

Dominio:

Aprendizaje automático

Experiencia:

Aprendizaje de características

•

agrupación

Lenguaje de programación:

R

Tecnología:

R

•

IBM Watson

•

SPSS

•

Excel

Modelos y métodos:

Aprendizaje automático

•

Deep learning