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Realizaré análisis de datos de microbioma y metagenómica
Análisis de microbioma, redacción de subvenciones, edición de manuscritos, inmunología, oncología
Soy investigador de doctorado en inmunología del cáncer y ciencia del microbioma en Laval University, Canadá. Durante los últimos 5 años, he tenido la suerte de publicar en revistas como Nature Commun...
Acerca de este Servicio
¿Estás ahogándote en datos de secuenciación pero no sabes cómo analizarlos correctamente?
Soy investigador con doctorado en inmunología del cáncer y ciencia del microbioma en la Universidad Laval, Canadá. He analizado datos de 16S rRNA y metagenómica shotgun de cohortes clínicas con más de 600 muestras, publicados en Nature Communications, y presentado en más de 40 conferencias internacionales. Sé qué esperan los revisores y qué hace que las figuras estén listas para publicación.
Lo que puedo analizar:
- Secuenciación de amplicones 16S rRNA (DADA2, Phyloseq)
- Metagenómica shotgun (MetaPhlAn, Kraken/Bracken)
- Análisis de diversidad alfa y beta
- Abundancia diferencial (LefSe, ANCOM-BC2, MaAsLin2)
- Vías funcionales (HUMAnN)
- Ensambla de metagenomas y anotación funcional
- RNA-seq en masa (interacciones huésped-microbioma)
Herramientas: R, Python, DADA2, Phyloseq, MetaPhlAn, HUMAnN, clusters HPC
Recibirás: Análisis limpio y completamente reproducible, figuras listas para publicación (calidad de revista), interpretación escrita clara de tus resultados, todos los scripts en R y Python utilizados
Con quién trabajo: Estudiantes de doctorado, investigadores académicos, startups de biotecnología y equipos de investigación clínica en Norteamérica, Europa y Asia.
No estás seguro si tus datos encajan? Envíame un mensaje primero y te diré honestamente qué es posible.
Mi porfolio
FAQ
Traducción automática
¿Qué archivos necesito proporcionar?
Archivos FASTQ en bruto de tu secuenciador, junto con un archivo de metadatos (información de muestras, grupos, condiciones). Si no estás seguro de qué compartir, envíame un mensaje primero y te guiaré.
Mis datos son de muestras clínicas humanas, ¿está bien?
Sí, trabajo regularmente con datos de cohortes clínicas humanas. Solo asegúrate de que tus datos estén anonimados y que tengas la aprobación ética adecuada en tu lado.
¿Necesito saber bioinformática para trabajar contigo?
Para nada. Yo manejo todo el análisis y explico los resultados en lenguaje sencillo. Solo necesitas entender tu biología, yo me encargo del código.
¿En qué formato se entregarán las figuras?
Archivos PDF, SVG y PNG de alta resolución, listos para envío a revista. También puedo ajustar colores o diseños según los requisitos de la revista.
¿Puedes ayudarme a interpretar los resultados para mi manuscrito?
Sí. Todos los paquetes incluyen una interpretación biológica escrita. Para los paquetes Standard y Premium, proporciono un texto detallado listo para discusión.
