Ejecutaré cualquier simulación de dinámica molecular y análisis de trayectoria en gromacs

¿Necesitas simulaciones de Dinámica Molecular (MD) de nivel de publicación en GROMACS? Configuro, ejecuto y analizo sistemas biomoleculares usando clústeres HPC acelerados por GPU.

SISTEMAS CUBIERTOS:

- Complejos proteína-ligando (moléculas pequeñas, compuestos naturales)

- Apo-proteínas y estabilidad comparativa entre tipo salvaje y mutante

- Complejos proteína-proteína y péptido-receptor

- Proteínas de membrana (inserción en bicapa lipídica y solvatación)

- Interacciones entre nanopartículas y biomoléculas

FLUJOS DE TRABAJO Y CAMPOS DE FUERZA:

- Parametrización mediante CHARMM36m/CGenFF, AMBER/GAFF2 y OPLS-AA

- Ejecución de producción acelerada por GPU gestionada en entornos Linux/SLURM

- Solvatación, neutralización, minimización, equilibration NVT/NPT

ANÁLISIS DE TRAYECTORIAS Y ENTREGAS:

- Métricas estructurales: RMSD, RMSF, radio de giro (Rg) y SASA

- Dinámica de interacciones: enlaces de hidrógeno, mapas de contacto y PCA

- Entregas: archivos de coordenadas (.gro/.pdb), trayectoria limpia (.xtc), archivos .xvg en crudo, gráficos de vectores para publicación (300 DPI) y descripción de métodos.

¡Envíame un mensaje con tu PDB ID, detalles del sistema y duración de la simulación antes de hacer tu pedido!