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Analizaré datos de ngs y construiré pipelines bioinformáticos reproducibles
Hago que los datos revelen ideas
Soy un ingeniero de aprendizaje automático con experiencia en bioinformática. Me especializo en el desarrollo y la implementación de modelos basados en datos genómicos y tengo experiencia en la realiz...
Acerca de este Servicio
¿Necesitas un análisis confiable de tus datos de secuenciación NGS o un flujo de trabajo bioinformático reproducible?
Ofrezco análisis completo de bioinformática y datos de NGS, desde los datos de secuenciación en bruto hasta resultados claros e interpretables. También puedo desarrollar pipelines reutilizables y en contenedores para laboratorios de investigación, científicos y proyectos biotecnológicos.
El análisis de NGS incluye:
- RNA-seq en masa y expresión diferencial de genes
- WGS, WES y secuenciación dirigida de ADN
- Detección, filtrado y anotación de variantes
- Análisis de 16S rRNA y microbioma
- Procesamiento de FASTQ, BAM y VCF
- Control de calidad con FastQC y MultiQC
- Análisis estadístico y visualización de datos
- Análisis funcional y de vías
Desarrollo de pipelines reproducibles:
- Flujos de trabajo con Nextflow o Snakemake
- Soporte para Docker y Singularity/Apptainer
- Entornos Conda/Bioconda
- Pipelines modulares y configurables
- Diseño de workflows listos para HPC/nube
- Pruebas y documentación
Trabajo con Python, R y Bash y herramientas bioinformáticas comunes como GATK, BWA, STAR, Salmon, DESeq2, Bioconductor y QIIME2.
Recibirás resultados documentados, visualizaciones, código y un análisis reproducible adaptado a tu pregunta de investigación.
Por favor, contáctame antes de ordenar para discutir tus datos, diseño del estudio y
FAQ
Traducción automática
¿Qué tipos de datos de NGS puedes analizar?
Puedo analizar datos de RNA-seq en masa, WGS, WES, secuenciación dirigida de ADN y datos de 16S rRNA/microbioma. Dependiendo de tu proyecto, puedo trabajar con FASTQ, BAM, VCF, matrices de conteo y otros formatos bioinformáticos estándar.
¿Puedes analizar archivos FASTQ en bruto de principio a fin?
Sí. Puedo realizar análisis de NGS de extremo a extremo, incluyendo control de calidad, preprocesamiento, alineación o cuantificación, análisis estadístico, visualización e interpretación posterior, según el tipo de secuenciación y la pregunta de investigación.
¿Proporcionas análisis de expresión diferencial en RNA-seq?
Sí. El análisis de RNA-seq en masa puede incluir control de calidad, alineación o cuantificación de transcritos, generación de conteos, expresión diferencial con herramientas como DESeq2, PCA, mapas de calor, gráficos de volcán y análisis funcional o de vías.
¿Puedes analizar datos de WGS y WES?
Sí. Los proyectos de WGS, WES y secuenciación dirigida de ADN pueden incluir control de calidad de FASTQ, alineación, procesamiento de BAM, detección de variantes, filtrado y anotación de variantes. Este servicio está destinado a investigación y propósitos bioinformáticos, no a diagnóstico médico.
¿Puedes construir un pipeline bioinformático reutilizable?
Sí. Puedo desarrollar pipelines reproducibles de NGS usando Nextflow o Snakemake con entradas configurables, pasos modulares, documentación y gestión de dependencias para que el análisis pueda repetirse en futuros conjuntos de datos.
¿Tus pipelines soportan Docker y Singularity/Apptainer?
Sí. Los pipelines pueden ser envasados en contenedores usando Docker y configurados para Singularity/Apptainer, haciéndolos adecuados para ejecución reproducible en sistemas locales, servidores y entornos HPC compatibles.
¿Qué resultados recibiré?
Dependiendo de tu proyecto, los entregables pueden incluir informes de control de calidad, datos procesados, resultados estadísticos, tablas, figuras, variantes anotadas, resultados de expresión diferencial, análisis de vías, scripts, documentación y código fuente del pipeline.
