Ofreceré servicios de docking y simulación md

Sí, tengo más de 5 años de experiencia profesional en bioinformática, trabajando con éxito en proyectos de acoplamiento molecular, simulaciones de dinámica molecular e investigaciones computacionales avanzadas para clientes internacionales.

Sí, trabajo con datos de secuencias. Dependiendo de las necesidades del cliente, puedo predecir candidatos para objetivos de fármacos, y también es una opción el cribado virtual de fármacos.

No, no es el mismo para todos los proyectos, depende del proyecto y de qué tan extenso sea.

Necesito la estructura de la proteína (ID PDB o archivo), estructura del ligando/péptido y objetivos claros del proyecto.

Trabajo con AutoDock Vina, Schrödinger, MOE, HADDOCK, GROMACS, NAMD, ACEMD, Desmond, VMD, PyMOL, ChimeraX, CHARMM-GUI, AmberTools, PLUMED, Python, R, Bash/Linux, Claude Code, Cursor, Jupyter y bibliotecas de Python como MDAnalysis, MDTraj, ProDy, Biopython, NumPy, Pandas, Matplotlib y SciPy.

Por lo general, de 50 a 500 ns, dependiendo de los requisitos del proyecto. Se pueden organizar simulaciones más largas si es necesario.

Sí, proporciono interpretaciones científicas claras para ayudarte a entender si tu complejo es estable y prometedor.

Sí, los análisis y reportes se preparan de acuerdo con los estándares académicos y de investigación.

RMSD, RMSF, radio de gyración, análisis de enlaces de hidrógeno, SASA, estabilidad de interacción y energía de unión libre (MM-PBSA/MM-GBSA), PCA, DCCM, FEL, análisis de clúster y muchos más.

Sí, puedo cribar múltiples compuestos y clasificarlos según su afinidad de unión y calidad de interacción.