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Realizaré análisis de acoplamiento molecular e interacción proteína-ligando.
Acerca de este Servicio
¿Buscas servicios precisos de acoplamiento molecular y descubrimiento de fármacos computacional para tu investigación o publicación? Ofrezco cribado virtual basado en estructuras, cálculos de afinidad de unión y perfilado de interacciones en 2D/3D de manera profesional.
Servicios ofrecidos en este gig:
- Preparación del objetivo: limpieza de PDB, eliminación de agua/heteroátomos y asignación del estado de protón.
- Preparación del ligando: optimización de estructura, generación de conformadores en 3D y minimización de energía.
- Acoplamiento molecular: optimización de la caja de grid y cálculo de la pose de unión usando AutoDock Vina.
- Análisis de interacción: mapeo de interacción en alta resolución en 2D (LigPlot+) y 3D (PyMOL) mostrando enlaces de hidrógeno y contactos hidrofóbicos.
- Similitud a fármacos: evaluación de ADME-Tox y la Regla de 5 de Lipinski usando SwissADME.
¿Por qué elegir mi servicio?
- Base sólida en bioinformática y biología computacional
- Figuras de alta resolución listas para publicación (más de 300 DPI)
- Datos en crudo completos proporcionados (.pdbqt, logs, poses de salida)
- Respuesta rápida y comunicación efectiva
Por favor, envíame un mensaje con el PDB ID de tu objetivo y las estructuras de tus ligandos (SMILES/SDF/PDB) para discutir tu proyecto antes de hacer el pedido.
FAQ
Traducción automática
¿Qué archivos o datos necesito proporcionar para comenzar?
Solo necesitas proporcionar el PDB ID del proteína objetivo (o archivo de estructura) y las estructuras de tus ligandos (SMILES, CID de PubChem, SDF o formato PDB).
¿Qué herramientas de acoplamiento y visualización utilizas?
Principalmente uso AutoDock Vina para acoplamiento molecular, PyMOL y Discovery Studio para diagramas de interacción en 3D, y LigPlot+ / SwissADME para mapas en 2D y similitud a fármacos.
¿Proporcionarás los archivos de salida en crudo y configuración?
Sí, cada paquete incluye todos los archivos de salida en crudo (.pdbqt, logs de acoplamiento, afinidades de unión y poses de salida).
¿Puedes gestionar cribados personalizados por lotes para múltiples compuestos?
Sí. Si tienes una biblioteca personalizada de compuestos (de 10 a más de 500 moléculas), envíame un mensaje directamente y te enviaré una oferta personalizada adaptada a tus necesidades.
