Analizaré tus datos de rnaseq en masa con figuras listas para publicación

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Especialista en bioinformática y científico de datos

Especialista en bioinformática con doctorado y 8 años entregando análisis genómicos y pipelines automatizados para diagnósticos clínicos e investigación académica. Ayudo a investigadores y empresas bi...

Acerca de este Servicio

¿Tienes dificultades con el análisis de RNA-seq? Transformaré tus datos de secuenciación en resultados de calidad para publicación.

LO QUE OBTIENES:

Informes de control de calidad (FastQC, MultiQC)

Análisis de expresión diferencial (DESeq2 o edgeR)

Gráfico de volcán que muestra genes regulados hacia arriba/abajo

Gráfico PCA con agrupamiento de muestras

Mapa de calor de los genes diferencialmente expresados más importantes

Análisis de enriquecimiento de vías GO/KEGG

Archivos CSV con todas las estadísticas y listas de genes

Sección de métodos escrita (lista para tu artículo)

LO QUE NECESITO DE TI:

- Archivos FASTQ (o números de acceso SRA)

- Información de las muestras (cuáles son control y cuáles tratamiento)

- Nombre del organismo (puedo trabajar con cualquier especie que tenga un transcriptoma)

Utilizo herramientas estándar de la industria: Salmon/STAR para alineación, DESeq2/edgeR para estadísticas, clusterProfiler para análisis de vías. Todo el análisis es completamente reproducible con código documentado.

EXPERIENCIA: RNA-seq en múltiples tejidos (cerebro, hígado, riñón, testículos, grasa), experimentos de series temporales (respuesta a fotoperíodo), datos de bajo conteo y transcritos raros, detección de variantes clínicas a partir de RNA-seq, organismos no modelo sin anotación.

¿Preguntas? Envíame un mensaje antes de ordenar. Estoy feliz de discutir tus necesidades específicas y recomendarte el paquete adecuado.