Realizaré ensamblaje del genoma de cloroplastos y análisis comparativo

Sobre este servicio

¿Buscas un bioinformático profesional para manejar tus datos de genómica vegetal? Me especializo en ensamblaje del genoma de cloroplastos (plastoma) y análisis comparativo genómico completo. Ofrezco resultados listos para publicación con figuras de alta resolución adaptadas para revistas SCI.

Lo que incluyo en este servicio:

1. Ensamblaje y anotación del genoma

• Ensamblaje de novo: ensamblaje de genoma circular de alta calidad a partir de lecturas crudas de Illumina, PacBio o Nanopore usando GetOrganelle o NOVOPlasty.
• Anotación precisa: predicción de genes (CDS, rRNA, tRNA) usando GeSeq/PGA con curación manual para garantizar precisión.

2. Análisis comparativo genómico

• Análisis de frontera IR: contracción y expansión de repeticiones invertidas (sitios de unión).
• Identificación de repeticiones: análisis de SSRs (repeticiones de secuencia simple) y repeticiones largas.
• Diversidad de nucleótidos: análisis de ventana deslizante para identificar regiones altamente divergentes (Pi).
• Presión selectiva: cálculo de ratios Ka/Ks para genes que codifican proteínas.

3. Filogenia y visualización

• Árboles filogenéticos: construcción de árboles de máxima verosimilitud (ML) o bayesianos (BI) usando IQ-TREE o MrBayes.
• Figuras profesionales: mapas circulares de alta resolución (OGDRAW), gráficos de sinentía y visuales de alineación comparativa.