Realizaré análisis de interacción de docking molecular, gnina, autodock vina y pymol

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Doctor en química, experto en quimioinformática y análisis

Químico con doctorado y más de 15 años de experiencia en investigación y docencia. Me especializo en conectar datos de laboratorio experimental con flujos de trabajo computacionales modernos. Mi expe...
Acerca de este Servicio

¿Necesitas un docking molecular preciso y listo para publicación para tu investigación o proyecto de diseño de fármacos? Ofrezco servicios de química computacional usando AutoDock Vina y GNINA (puntaje CNN de aprendizaje profundo), junto con un perfil detallado de interacción.

Lo que ofrezco:

  • Preparación del objetivo y ligando: reparación de estructuras, asignación de cargas, protonación a pH fisiológico y minimización de energía.
  • Docking molecular: optimización de la caja de grid (docking en sitio activo o ciego) usando AutoDock Vina y GNINA para predicciones de afinidad robustas (kcal/mol).
  • Perfil de interacción: mapas 2D de alta resolución mediante BIOVIA Discovery Studio (puentes de hidrógeno, pi stacking, puentes salinos) y visualizaciones en 3D trazadas en PyMOL.

Entregables:

  • Archivos del complejo dockeado (.pdb, .pdbqt, .sdf)
  • Sesión de PyMOL completamente editable (.pse)
  • Figuras listas para publicación en alta resolución (más de 300 DPI)
  • Tabla resumen de energías de unión y contactos clave de residuos

¿Por qué elegirme?

  • Flujos de trabajo rigurosos y de estándar de revisión por pares
  • Amplia experiencia en diseño de fármacos asistido por computadora (CADD)
  • Respuesta rápida y soporte científico claro

Por favor, envíame un mensaje con tu PDB ID del objetivo y las estructuras del ligando antes de hacer el pedido.


Tecnología:

Excel

•

Jupyter Notebook

•

MATLAB

Tipo de análisis:

Análisis cuantitativo

•

Análisis cualitativo

Experiencia:

Estadísticas

Lenguaje de programación:

Python

•

R

•

SPSS

Herramientas:

Stata

•

Google Colab

•

Microsoft excel