Proporcionaré un análisis completo de genética de poblaciones a partir de datos vcf

Proporcionaré un análisis completo de genética de poblaciones a partir de datos VCF, utilizando métodos robustos y reproducibles para caracterizar la diversidad genética, los patrones de neutralidad y la estructura poblacional.

El análisis estándar incluye:

• Estadísticas básicas de VCF y verificaciones de datos
• Heterocigosidad observada y esperada (Ho/He)
• Coeficiente de endogamia
• Diversidad de nucleótidos (π; en todo el genoma)
• Tajimas D (ventanas fijas y no superpuestas)

Complemento 1: a nivel de población

Permite análisis a nivel de población usando un archivo de mapeo de muestras a poblaciones proporcionado por el cliente. Incluye métricas estratificadas por población, PCA (LD-pruned), ADMIXTURE (K=210, 3 réplicas por K y validación cruzada), y F_ST pareado (en todo el genoma).

Complemento 2: ventanas deslizantes

Amplía el análisis con métricas de ventanas deslizantes en todo el genoma para detectar patrones locales y ventanas atípicas. Incluye π en ventanas deslizantes (con tamaño de paso) y Tajimas D en ventanas fijas, con gráficos y resultados tabulados.

Bonus: Si se seleccionan ambos complementos, también se calcula F_ST pareado en ventanas deslizantes.

Notas: El VCF debe contener genotipos de muestras. Los análisis a nivel de población requieren un archivo de mapeo. El tamaño del conjunto de datos (variantes, muestras, poblaciones) está limitado por el paquete seleccionado. Los valores atípicos se refieren