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Haré docking molecular y simulación md usando gromacs y autodock
Analista de Bioinformática en RNA Seq, acoplamiento molecular y simulaciones MD
Soy un biólogo computacional especializado en transcriptómica RNA-Seq, acoplamiento molecular y simulaciones de acoplamiento molecular. Trabajo con pipelines en Linux Bash, R (DESeq2/Bioconductor), Py...
Acerca de este Servicio
Bienvenido a servicios profesionales de docking molecular y simulación MD
¿Buscas modelado estructural riguroso, de nivel de publicación, para tu proyecto de investigación? Me especializo en docking proteína-ligando y simulaciones de dinámica molecular (MD) de átomo completo usando herramientas estándar de la industria.
Servicios ofrecidos
- Docking molecular (AutoDock Vina):
- Preparación del objetivo y ligando (formato PDB/SDF, átomos faltantes, cargas).
- Docking de alta precisión, análisis de afinidad de unión y clasificación.
- Perfil de interacción de residuos en 2D y 3D (puentes de hidrógeno, contactos hidrofóbicos).
Simulación de dinámica molecular (GROMACS):
- Configuración del sistema, solvatación, neutralización de cargas y generación del force field.
- Minimización de energía, equilbraciones NVT/NPT y ejecuciones de producción (hasta 100 ns+).
- Análisis de trayectoria: RMSD, RMSF, radio de giro, SASA y dinámica de puentes de hidrógeno.
Entregables listos para publicación:
- Figuras en 3D de alta resolución (PyMOL / UCSF Chimera).
- Código fuente completo, archivos de topología/MDP y datos de trayectoria en crudo (.xtc, .tpr, .edr).
- Informe analítico completo.
Mi porfolio
FAQ
Traducción automática
¿Qué formatos de archivo o detalles necesito proporcionar?
Por favor, proporciona el ID PDB o el archivo .pdb de tu proteína objetivo, junto con la cadena SMILES, SDF o archivo PDB para tu(s) ligando(s).
¿Recibiré los archivos de trayectoria en crudo de GROMACS?
¡Sí! En los paquetes Estándar y Premium, todos los archivos de topología, parámetros y trayectoria (.xtc, .tpr, .edr) se entregan junto con el informe final.
¿Qué force fields utilizas para las simulaciones MD en GROMACS?
Principalmente uso force fields CHARMM36 o AMBER (por ejemplo, ff99SB / ff14SB) para proteínas, junto con CGenFF o AnteChamber/GAFF para la generación de topologías de ligandos.
¿Qué pasa si mi estructura de proteína tiene bucles o residuos faltantes?
Realizo limpieza de estructura, arreglo cadenas laterales faltantes y modelado de bucles ausentes usando herramientas como MODELLER o Swiss-Model antes de realizar la minimización de energía y el docking.
