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Realizaré análisis de rnaseq dge y datos transcriptómicos usando r y deseq2
Acerca de este Servicio
¡Bienvenido! Convierte tus datos de secuenciación en conocimientos biológicos listos para publicación.
¿Eres un investigador o una startup biotecnológica abrumada por los datos de RNA-Seq? Ejecutar el código es solo la mitad de la tarea; entender los mecanismos biológicos detrás de los datos es lo que hace que se publiquen artículos y se validen productos.
Como bioquímico enfocado en biología de sistemas e inmunología, ofrezco análisis rigurosos de Differential Gene Expression (DGE). Veo más allá de los números en bruto para ayudarte a identificar los genes clave que están regulados hacia arriba y hacia abajo, impulsando tus vías biológicas.
Lo que ofrece este gig (Pipeline de RNA-Seq):
Dependiendo de tus necesidades, puedo manejar todo desde las lecturas de secuenciación en bruto hasta el análisis final de vías. (¡Por favor, envíame un mensaje antes de ordenar para discutir tu diseño experimental y el conteo de muestras!)
- Básico (El "Data Wrangler"): Tú proporcionas los archivos FASTQ en bruto. Realizaré Control de Calidad (FastQC), Recorte, Alineamiento (HISAT2/Bowtie2) y Cuantificación (featureCounts). Entrega: una matriz de conteo en bruto limpia y estructurada, lista para tu análisis posterior.
- Estándar (El "DGE y Visualización"): Tú proporcionas la matriz de conteo (o la combinas con el paquete Básico).
Tecnología:
Excel
•
MATLAB
•
RStudio
Experiencia:
Diseño de experimentos
Lenguaje de programación:
Python
•
R
Mi porfolio
FAQ
Traducción automática
¿Necesito proporcionar archivos FASTQ o una matriz de conteo?
¡Puedo trabajar con cualquiera de los dos! Si tienes archivos FASTQ en bruto, comienza con el paquete Básico para obtener tus conteos. Si ya tienes una matriz de conteo y solo necesitas el análisis y los gráficos de DESeq2, el paquete Estándar es exactamente lo que necesitas.
¿Cuántas muestras cubre el precio del gig?
Los precios de los paquetes listados son bases diseñadas para proyectos piloto pequeños a medianos (hasta 6 muestras, por ejemplo, 3 control vs. 3 tratados). Si tienes una cohorte más grande o múltiples condiciones experimentales, por favor envíame un mensaje para una oferta personalizada.
¿Qué quieres decir con "Interpretación biológica" en el paquete Premium?
La mayoría de los freelancers solo te entregan una hoja de Excel con 5000 genes. Con mi experiencia en bioquímica y biología molecular, asigno esos genes a vías biológicas (KEGG/GO) y proporciono un resumen escrito explicando qué procesos biológicos (por ejemplo, respuestas inmunológicas específicas o cambios metabólicos)
¿Qué información necesitas de mí para comenzar?
Necesitaré: 1. Tus datos (archivos FASTQ o matriz de conteo). 2. Tu archivo de metadatos que defina claramente tus grupos de muestras (por ejemplo, tipo salvaje vs. knockout). 3. El genoma de referencia o archivo de anotación apropiado (GTF/GFF).
