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Realizaré docking, cribado virtual y simulaciones MD
Biólogo molecular, experto en simulaciones MD y docking molecular
Soy biólogo molecular especializado en bioinformática estructural y diseño de fármacos asistido por computadora (CADD). Ofrezco servicios integrales de análisis <em>in silico</em> para investigadores,...
Acerca de este Servicio
Proporciono análisis estructurales in silico y modelado molecular computacional usando pipelines estándar de bioinformática.
Preparación de la proteína objetivo y validación del bolsillo de unión
Cribado virtual basado en farmacóforos
Docking molecular (interacciones proteína-ligando / proteína-proteína)
Simulaciones de dinámica molecular (MD) de 50ns a más de 100ns
Análisis de trayectorias (RMSD, RMSF, Rg, SASA, enlaces de hidrógeno)
Cálculos de energía libre de unión (MM/PBSA)
Proporciono todos los datos de trayectorias en bruto, archivos CSV procesados y archivos de parámetros exactos (.mdp, .conf) utilizados durante las simulaciones. Todos los análisis se realizan usando pipelines completamente documentados y reproducibles para que puedas validar y replicar fácilmente los resultados en tus publicaciones.
¿Necesitas un flujo de trabajo personalizado para tu proyecto? Cada objetivo biológico tiene requisitos diferentes, así que envíame un mensaje con los detalles específicos de tu proyecto antes de hacer un pedido para que podamos discutir los parámetros técnicos exactos y los plazos de entrega para tu investigación.
FAQ
Traducción automática
¿Qué información necesito proporcionar para iniciar el proyecto?
Necesitas proporcionar el código PDB de la proteína objetivo o el archivo de estructura cristalina (.pdb). Para ligandos, por favor proporciona estructuras químicas en formato SMILES, SDF o PDB.
¿Qué pasa si mi proteína objetivo no tiene una estructura cristalina experimental?
Puedo realizar modelado por homología (usando Swiss-Model u otras herramientas similares) para predecir la estructura 3D de tu proteína antes de proceder con docking o simulaciones MD.
¿Proporcionas los archivos de trayectorias en bruto?
Sí. Como los archivos de trayectorias MD (.xtc, .trr) suelen ser muy grandes (GBs), los proporcionaré mediante un enlace seguro a un almacenamiento en la nube. También incluiré todos los archivos de parámetros (.mdp) y archivos de topología (.top, .itp) para garantizar la reproducibilidad total.
¿Puedes realizar cálculos para residuos no estándar o iones metálicos?
Sí. Puedo manejar residuos no estándar y sitios activos que contienen metales (formas holo) generando topologías específicas y realizando optimizaciones basadas en DFT mediante ORCA cuando sea necesario.
¿Se proporcionan los gráficos y renders en calidad lista para publicación?
Sí. Proporciono renders en PyMOL de alta resolución (300-600 DPI) y gráficos de calidad para publicación (usando Matplotlib/Seaborn). Todas las visualizaciones cumplen con los estándares de las principales revistas científicas.
¿Puedes manejar simulaciones a largo plazo más allá de 200ns?
Sí, puedo manejar simulaciones de escala microsegundo. Sin embargo, dado que requieren recursos computacionales y tiempo considerables, por favor envíame un mensaje primero para una oferta personalizada y así planificar el cronograma y la asignación de recursos en consecuencia.
