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Realizaré docking molecular y simulaciones MD para descubrimiento de fármacos
Ali Hamza
Acerca de este Servicio
Traducción automática
¿Buscas acelerar tu proceso de descubrimiento de fármacos o obtener conocimientos estructurales profundos sobre las interacciones proteína-ligando?
Ofrezco servicios de química computacional y modelado molecular de alta precisión, diseñados para investigadores, académicos y startups farmacéuticas. Utilizando flujos de trabajo validados en diseño de fármacos basado en estructura (SBDD) y basado en ligando (LBDD), entrego resultados reproducibles y listos para publicación.
Mis servicios técnicos incluyen:
- Docking molecular: Mapeo del sitio activo y evaluación de afinidad de unión usando AutoDock Vina y Material Studio.
- Screening virtual: Cribado de alto rendimiento de grandes librerías de ligandos o moléculas pequeñas.
- Optimización cuántica: Optimización geométrica y cálculos electrostáticos usando Gaussian.
- Predicción ADMET: Evaluación in silico de farmacocinética y propiedades similares a fármacos (Regla de Lipinski).
- Simulaciones MD: Seguimiento dinámico en largo plazo de la estabilidad estructural, RMSD, RMSF y análisis de enlaces de hidrógeno.
- Visualización: Figuras 3D de alta resolución renderizadas con PyMOL.
Lo que recibirás:
- Todos los archivos de datos en bruto (.pdb, .pdbqt, .sdf, .mol2 y registros/rutas de trayectoria).
- Gráficos estructurales en alta resolución, de calidad para publicación.
- Un informe completo
Conoce a Ali Hamza
Ali Hamza
Molecular Docking ,Drug Discovery and Molecular Simulations Expert
- DePakistán
- Miembro desdejun 2026
Idiomas
Inglés
Computational Chemist (SBDD), (LBDD), and molecular dynamics (MD) simulations.
I help researchers, pharma startups, and academics accelerate their drug discovery pipelines by providing high-precision in silico screening and structural analysis.
Core Expertise:
Molecular Docking: Protein-ligand, protein-protein, and virtual screening of massive compound libraries.
Molecular Dynamics (MD).
ADMET Prediction: In silico evaluation of pharmacokinetics, toxicity, and drug-likeness (Lipinski’s Rule of 5).
Tools:
Docking: AutoDock Vina ,Material Studio , Gaussian
Visualization & Analysis: PyMOL.
Traducción automática
FAQ
Traducción automática
¿Qué archivos o datos de entrada necesitas de mí para comenzar el proyecto?
Para la proteína objetivo, necesito el ID de PDB o un archivo optimizado .pdb/.cif. Para los ligandos, puedes proporcionar los nombres químicos, cadenas SMILES, CIDs de PubChem o estructuras en formatos .sdf o .mol2. Si el sitio de unión es conocido, comparte los residuos específicos del sitio activo o las coordenadas de la caja de malla.
¿Qué herramientas de software especializadas y marcos computacionales utilizas?
Utilizo herramientas estándar de la industria para máxima reproducibilidad: AutoDock Vina y Material Studio para docking molecular preciso y cribado virtual; Gaussian para optimizaciones cuánticas o DFT de ligandos; y PyMOL junto con Discovery Studio para análisis visual en 3D de alta resolución e interacción.
¿Se incluyen los archivos de datos en bruto de la trayectoria y análisis en la entrega?
Sí. Junto con un informe de análisis escrito completo que contiene figuras estructurales y gráficos de datos, proporcionaré todos los resultados en bruto, incluyendo poses acopladas (.pdbqt / .pdb), topologías parametrizadas y datos de la simulación, para que puedas verificar o continuar el flujo de trabajo localmente.
¿Puedes realizar simulaciones de dinámica molecular (MD) en sistemas grandes o personalizados?
Sí, puedo configurar simulaciones para complejos estándar de proteína-ligando. Sin embargo, para proteínas de membrana, interfaces masivas de proteína-proteína o solicitudes de largos plazos (>50 ns), contáctame primero para estimar las necesidades de parametrización estructural y ejecución computacional.
¿Serán las gráficas estructurales y los gráficos de datos adecuados para publicaciones de investigación?
Por supuesto. Las gráficas de visualización molecular en 3D generadas con PyMOL tienen resolución en alta calidad y son aptas para publicaciones en revistas revisadas por pares, presentaciones de tesis o propuestas de subvenciones académicas.
