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Realizaré acoplamiento molecular con autodock vina o quickvina gpu
Ingeniero en bioinformática, acoplamiento molecular y automatización en Python
Investigador en bioingeniería especializado en acoplamiento molecular, cribado virtual y automatización en bioinformática. Ayudo a laboratorios de investigación a transformar flujos de trabajo manuale...
Acerca de este Servicio
¡Hola! Soy un investigador en bioingeniería con experiencia práctica en ejecutar pipelines de acoplamiento molecular a gran escala en estaciones de trabajo Linux aceleradas por GPU.
LO QUE OBTIENES:
Acoplamiento profesional con AutoDock Vina o QuickVina-GPU 2.1
Preparación adecuada del receptor y ligando (PDBQT, protonación, cargas)
Puntuaciones de afinidad de unión con análisis detallado
Las mejores poses de unión clasificadas y visualizadas
Resultados limpios en CSV/Excel + informe en PDF
¿POR QUÉ YO?
- Flujo de trabajo acelerado por GPU (10-100 veces más rápido que CPU)
- Experiencia real en investigación: analicé más de 180 GB de la base de datos ZINC contra objetivos de drogas bacterianas
- Creé pipelines automatizados para cribado virtual de productos naturales
- Scripts personalizados en Python adaptados a tu flujo de trabajo
QUÉ DEBES ENVIARME:
1. Tu proteína (ID PDB o archivo PDB)
2. Tus ligandos (SMILES, SDF, MOL2 o nombres de compuestos)
3. Información del sitio activo (o puedo detectarlo)
¿Necesitas algo personalizado o a mayor escala (más de 5000 ligandos)? Envíame un mensaje antes de ordenar y crearé un paquete personalizado.
¡Espero trabajar contigo!
Lenguaje de programación:
Python
•
R
•
Colab
•
Otros
Herramientas:
Jupyter Notebook
•
TensorFlow
•
Excel
•
Colab
•
Otros
FAQ
Traducción automática
¿Necesito enviar el archivo de estructura de la proteína?
No necesariamente. Si proporcionas un ID PDB, lo buscaré y prepararé la estructura. Si solo tienes una secuencia, puedo construir un modelo de homología o una predicción de AlphaFold (pequeño costo adicional mediante extras de gig).
¿Qué software de acoplamiento utilizas?
Principalmente AutoDock Vina y QuickVina-GPU 2.1 (acelerado por GPU). También puedo usar UniDock o PLANTS si tu proyecto lo requiere.
¿Puedes manejar campañas de cribado virtual más grandes?
Sí. Para bibliotecas más grandes (500-50,000+ ligandos), envíame un mensaje primero y crearé un paquete personalizado con precios adecuados.
¿Qué archivos recibo?
Todos los archivos PDBQT de salida, archivos de registro, tablas de puntuación (Excel/CSV) y un informe en PDF. Los archivos fuente y scripts en Python están incluidos en los paquetes Estándar y Premium.
¿Cómo garantizas la calidad del acoplamiento?
Valido la configuración con redocking de ligandos conocidos cuando hay estructuras cristalinas disponibles, uso definición adecuada de la caja de la cuadrícula y aplico protocolos de preparación estándar (cargas Gasteiger, hidrógenos polares, torsiones flexibles).
