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Realizaré análisis de bioinformática rnaseq y llamada de variantes
Especialista en Bioinformática y Análisis de Datos, Python, BLAST, ML
Soy estudiante de Bioinformática en NUST Islamabad con experiencia práctica en análisis de secuencias, estructura de proteínas, filogenética y procesamiento de datos con Python. Ayudo a investigadores...
Acerca de este Servicio
¿Tienes datos de secuenciación y no tienes tiempo para construir el pipeline tú mismo? Tomaré tus lecturas crudas y las convertiré en resultados limpios e interpretables que tu PI o colaboradores puedan usar realmente.
Soy estudiante de Bioinformática en NUST Islamabad con experiencia práctica en pipelines de secuenciación de lecturas largas (PacBio HiFi), llamada de variantes con GATK y Clair3, comparación con conjuntos de verdad GIAB y análisis de datos genómicos usando Python y bash. He trabajado en un laboratorio de investigación en genómica del cáncer y sé cómo se ve una salida de calidad para publicación.
Lo que puedo hacer por ti:
LLamada de variantes con alineamiento WGS usando minimap2/BWA, detección de variantes con GATK HaplotypeCaller o Clair3, filtrado y anotación de VCF, comparación con hap.py
Expresión diferencial en RNA-seq con matriz de conteo, gráficos de volcán con DESeq2 o edgeR, mapas de calor, enriquecimiento de vías
Metagenómica / pipeline de amplicones 16S con QIIME2, diversidad alfa/beta, gráficos PCoA, gráficos de barras taxonómicas
Visualización genómica con capturas de pantalla de IGV, gráficos de cobertura, figuras listas para publicación a 300 DPI
Lo que me envías: FASTQ, BAM, VCF, matrices de conteo o un número de acceso GEO / SRA. Trabajo con datos de Illumina, PacBio y Nanopore.
Lo que recibirás: archivos de salida limpios, reproducibilidad
Dominio:
Otros
Experiencia:
Clasificación
•
agrupación
•
Análisis predictivo
•
Otros
Lenguaje de programación:
Python
•
R
•
SQL
•
Colab
•
Java
Herramientas:
Jupyter Notebook
•
Otros
Tecnología:
Python
•
R
•
Jupyter Notebook
•
Pandas
•
RStudio
FAQ
Traducción automática
No estoy seguro de qué análisis necesito. ¿Puedes ayudarme a decidir?
A: Claro — solo envíame un mensaje con tu tipo de datos (FASTQ, BAM, matriz de conteo, etc.) y tu pregunta de investigación. Te diré exactamente qué paquete se ajusta y cómo será el resultado antes de que hagas el pedido.
¿Qué archivos necesito enviarte?
A: Los archivos FASTQ, BAM, VCF o matrices de conteo funcionan directamente. Si tus datos están en NCBI GEO o SRA, solo envíame el número de acceso — lo descargaré yo mismo. Para archivos grandes, podemos usar Google Drive o un enlace compartido.
¿Trabajas con datos de Illumina, PacBio y Nanopore?
A: Sí a los tres. Tengo experiencia práctica con datos de lecturas largas PacBio HiFi específicamente, y pipelines estándar de lecturas cortas Illumina para RNA-seq y WGS.
¿Podré reproducir tus resultados?
A: Sí. Cada pedido incluye scripts completos en bash/Python con comentarios, para que tú o tu laboratorio puedan volver a ejecutar el análisis en cualquier momento.
¿Puedo usar tus figuras en mi artículo o tesis?
A: Sí — todas las figuras se entregan a 300 DPI en formato PNG o PDF, listas para publicación en cualquier revista.
¿Cómo te envío datos confidenciales o no publicados?
Trato todos los datos de los clientes como estrictamente confidenciales y no los comparto ni los retengo después de la entrega. Si necesitas que firme un NDA, envíame un mensaje antes de hacer el pedido.
