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Realizaré análisis de bioinformática de datos de microbioma
Análisis estadístico y bioinformática en biología
Soy biólogo e investigador especializado en análisis estadístico, bioinformática, microbiología y ecología microbiana. Trabajo con R, DADA2, QIIME2, Phyloseq y QGIS para analizar datos biológicos y am...
Acerca de este Servicio
¿Necesitas ayuda para analizar datos de microbioma o amplicones microbianos? Puedo ayudarte a procesar, analizar e interpretar tus datos usando QIIME2, DADA2, Phyloseq y R.
Puedo trabajar con conjuntos de datos de 16S rRNA y otros amplicones microbianos y ofrecer:
- Procesamiento de datos y evaluación de calidad con QIIME2/DADA2
- Análisis de composición taxonómica y diversidad
- Diversidad alfa y beta
- Análisis de ordenación y estructura de comunidades
- Análisis estadístico y visualización
- Análisis de abundancia diferencial cuando sea apropiado
- Figuras de calidad para publicación y interpretación clara
Recibirás: resultados procesados, salidas estadísticas, figuras claras, interpretación de hallazgos y flujos de trabajo reproducibles si se incluyen en tu paquete.
Me enfoco en seleccionar los métodos adecuados según tu pregunta de investigación, diseño experimental y estructura de datos.
Por favor, contacta conmigo antes de ordenar si no estás seguro de qué paquete es adecuado para tu conjunto de datos o si necesitas un flujo de trabajo de bioinformática específico.
FAQ
Traducción automática
¿Qué tipos de datos de microbioma puedes analizar?
Puedo analizar conjuntos de datos de amplicones microbianos como datos de 16S rRNA y otros conjuntos de datos compatibles usando QIIME2, DADA2, Phyloseq y R. Por favor, contacta conmigo antes de ordenar si tienes un tipo de dato diferente.
¿Puedes analizar archivos FASTQ en crudo?
Sí. Dependiendo del paquete, puedo trabajar con archivos FASTQ en crudo y realizar evaluación de calidad y procesamiento usando QIIME2 o DADA2. Proporciona información sobre tu plataforma de secuenciación, cebadores y diseño experimental.
¿Puedes analizar mis datos de microbioma si no sé qué método usar?
Sí. Puedo revisar tu pregunta de investigación, diseño experimental, metadatos y estructura de datos y recomendar un flujo de trabajo de análisis adecuado.
¿Recibiré el código del análisis?
El código reproducible puede incluirse dependiendo del paquete. Puedo proporcionar scripts en R y flujos de trabajo de análisis relevantes cuando sea aplicable.
¿Puedes crear figuras de calidad para publicación?
Sí. Dependiendo del paquete, puedo crear figuras claras y listas para publicación para diversidad, taxonomía, ordenación, estructura de comunidades y otros análisis apropiados.
¿Puedes analizar abundancia diferencial?
Sí, cuando el diseño experimental y los datos lo soporten. El método apropiado depende del diseño del estudio, número de muestras, metadatos y la pregunta de investigación.
