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Analizaré datos de metagenómica shotgun
Análisis estadístico y bioinformática en biología
Soy biólogo e investigador especializado en análisis estadístico, bioinformática, microbiología y ecología microbiana. Trabajo con R, DADA2, QIIME2, Phyloseq y QGIS para analizar datos biológicos y am...
Acerca de este Servicio
¿Necesitas ayuda para analizar datos de metagenómica shotgun? Puedo ayudarte a procesar, ensamblar, analizar, visualizar e interpretar tus conjuntos de datos metagenómicos.
Tengo experiencia práctica analizando metagenomas shotgun usando flujos de trabajo bioinformáticos establecidos, incluyendo MEGAHIT, metaSPAdes, SqueezeMeta y R.
Puedo ayudar con:
Control de calidad y preprocesamiento
Ensamblaje de metagenomas
Perfil taxonómico y composición de comunidades
Perfil funcional y anotación
Abundancia y análisis comparativo
Análisis estadístico y abundancia diferencial
Visualizaciones de calidad para publicación
Interpretación biológica
Flujos de trabajo reproducibles de análisis
Selecciono el flujo de trabajo según tu pregunta de investigación, datos de secuenciación, diseño experimental y metadatos.
Por favor, contáctame antes de hacer tu pedido si no estás seguro de qué paquete o flujo de trabajo es adecuado para tu conjunto de datos.
FAQ
Traducción automática
¿Qué tipos de datos de metagenómica puedes analizar?
Puedo trabajar con conjuntos de datos de metagenómica shotgun para análisis taxonómicos, funcionales, de abundancia, estadísticos y comparativos. Por favor, contáctame antes de hacer tu pedido para que pueda revisar tu conjunto de datos y objetivos.
¿Puedes analizar archivos FASTQ en crudo?
Sí. Dependiendo del paquete, puedo trabajar con archivos FASTQ en crudo y realizar evaluación de calidad, preprocesamiento, ensamblaje y análisis metagenómico downstream.
¿Puedes ensamblar mi metagenoma?
Sí. Puedo realizar ensamblaje de metagenomas usando MEGAHIT o metaSPAdes, dependiendo de las características del conjunto de datos y los objetivos del análisis.
¿Usas SqueezeMeta?
Sí. SqueezeMeta es uno de los flujos de trabajo que utilizo para análisis metagenómicos integrados. También puedo usar MEGAHIT o metaSPAdes para ensamblaje y herramientas complementarias cuando sea apropiado.
¿Puedes realizar perfilado funcional o anotación?
Sí. El perfilado funcional y la anotación pueden incluirse dependiendo del conjunto de datos, la pregunta de investigación y el paquete seleccionado. El flujo de trabajo y las herramientas específicas se determinarán según los requisitos del proyecto.
¿Puedes analizar abundancia diferencial?
Sí, cuando el diseño experimental, los metadatos, el tamaño de la muestra y la estructura de los datos soportan un análisis de abundancia diferencial adecuado.
¿Puedes crear figuras de calidad para publicación?
Sí. Dependiendo del paquete, puedo crear figuras de calidad para publicación sobre composición taxonómica, abundancia, perfiles funcionales, comparaciones estadísticas y otros resultados metagenómicos apropiados.
¿Puedes ayudarme a elegir el flujo de trabajo de metagenómica adecuado?
Sí. Puedo revisar tu pregunta de investigación, información de secuenciación, metadatos, diseño del estudio y datos disponibles, y recomendar un flujo de análisis adecuado.
